Magallanes es un lugar privilegiado para la observación de ballenas ya que se encuentra en la ruta migratoria de varias especies de ballenas que se desplazan desde la Antártica hasta las cálidas aguas del Pacífico sur para aparearse y dar a luz a sus crías.
La ballena jorobada (Megaptera novaeangliae) es una de las especies más comunes en la región de Magallanes. Estos cetáceos miden entre 12 y 16 metros de largo y pueden pesar hasta 36 toneladas. Se caracterizan por sus impresionantes saltos fuera del agua, conocidos como “brechas”, que son un espectáculo impresionante para los observadores de ballenas.
La ballena franca austral (Eubalaena australis) también es una especie frecuente en las aguas del extremo sur de Chile. Son ballenas más grandes que las jorobadas, llegando a medir hasta 18 metros de largo y pesando hasta 70 toneladas. Se caracterizan por su falta de aleta dorsal y por sus enormes bocas, que pueden abrirse hasta un ángulo de 90 grados para alimentarse de krill y otros pequeños crustáceos.
Se calcula que miles de ballenas jorobadas y francas australes visitan las aguas de Magallanes durante la temporada de alimentación y reproducción.